Когда Наруто возвратился с горы Мёбокузан в Коноху, та уже была разрушена. Прибыв в деревню, он начал схватку с Пейном. В битве с ним Наруто с легкостью побеждает сферу демона и сферу голодных призраков, а также 3-х призванных Пейном существ, показав свою новую технику Техника Жабьего отшельника : Гигантский Расэнган. Затем Уничтожает огромным Расэнган-сюрикеном ещё сферу людей и двойным Расэнганом сферу животных, после чего исчезают все призванные существа, после которого выходит из Сэннин Мудо, не убив только 2 тела: тело Яхико (сфера Бога), ученика Дзирайи и ещё одно тело (сфера ада). Когда чакра заканчивается, Пейн пронзает своим чёрным мечом обе руки Наруто, таким образом обезвреживая его. Отец Ино догадывается, где может находиться настоящий Пейн — на горе рядом с деревней, откуда просто посылать и принимать сигналы чакры. Пейн разговаривает с Наруто. Выясняется что правосудие, которое Пейн направил на деревню, равноценно тому, которое Наруто хочет направить на Пейна. Он рассказывает о том, что великие страны, при участии Страны Огня и Конохи использовали его страну для сражений, превратив её в руины, а сами укрепились и стабилизировались. Это — одно из составных частей бесконечного цикла ненависти, который управляет миром синоби. Пейн говорит о своей цели создать супероружие. Позже показано тело Нагато. Он сильно истощён и передвигается в странном кресле на колёсах. Он также использовал слишком много чакры. Вскоре после этого Хината, признавшись Наруто в любви, нападает на тело Яхико, но терпит поражение. Наруто переполнен самыми страшными эмоциями, что когда либо чувствовал, и они пробуждают страшную силу — у Наруто высвобождается шесть хвостов. При этом из чакры Девятихвостого начинает формироваться скелет Лиса. Далее Наруто уже собирался сорвать печать окончательно, но его остановил Четвёртый Хокаге, который поместил свой образ в подсознание Наруто когда запечатал лиса, чтобы в случае, если печать будет под угрозой срыва, он смог остановить это. Четвёртый рассказал Наруто, что он его отец, что запечатал лиса в своем сыне потому что верил, что тот сможет её использовать, а также потому что в тот день, когда лис напал на Коноху он видел синоби, который управлял им. Этот синоби — это член Акацуки, который все время носит маску. После этого Минато восстановил печать, однако сказал, что это в последний раз. После этого Пейн увидел, как Лис исчез, а вместо него появился Наруто в режиме отшельника. Он хочет найти настоящего Нагато, чтобы поговорить, поэтому прокалывает плечо чёрным мечом Пейна и таким образом видит его настоящее тело. Создав 2 Расен-Сюрикена, 1-й Пейн останавливает своей техникой Cинра Тенсей, а от второго он смог просто увернутся. Наруто, спеша нанести фатальный удар до того как Пейн снова использует технику Cинра Тенсей (интервал этой техники 5 секунд), создаёт Массовое Теневое Клонирование, и всей кучей нападает на Пейна, но тот снова исполняет Cинра Тенсей и все клоны исчезают, тут Наруто создаёт обычный Расэнган и им поражает Пейна. Этой фатальной атакой он убивает Пейна, и с помощью приёмников чакры в его теле, Наруто узнаёт местонахождение Нагато и спешит туда, чтобы поговорить с ним. Он находит Конан и Нагато в укрытии, в форме дерева. Нагато показывает Наруто, как он убил Дзирайю, а также свою первую боль, которую он испытал в мире, и появление риннегана. После рассказывает Наруто о том как он познакомился с Конан и Яхико. Затем Нагато ждёт ответа Наруто и тот отвечает, что он будет верить в то, во что верил Дзирайя и он отказывается убивать Нагато. Ответ Наруто - никогда не сдаваться и найти мир - это слова, написанные в книги Дзирайи "Легенда о бесстрашном ниндзя". Выясняется, что образ главного героя книги и его слова Дзирайя написал с Нагато, когда тот был в возрасте Наруто, и Наруто фактически перенял мечты Нагато, и даже был назван в честь него: имя главного героя книги было Наруто (Дзирайя придумал его, когда ел рамен, одним из компонентов блюда были спиральки "наруто"), Дзирайя видимо не хотел вписывать в книгу настоящее имя Нагато и поменял в нём две буквы. Родителям Наруто так понравилась книга и её главный герой, что они захотели, чтобы и их сын был на него похож, и дали ему имя главного героя книги. Нагато вспоминает свои мечты и верит, что Наруто это тот человек, который способен их воплотить в жизнь, и ценой своей жизни исполняет технику, которая оживляет всех людей в Конохе которых он убил, в том числе и Какаси. Конан пообещала Наруто поддержку Амекугаре и, подарив напоследок букет бумажных цветов, покинула Коноху , захватив тела Нагато и Яхико.

Воспользовавшись тем, что при нападении Пэйна на Коноху Цунадэ впала в кому, Дандзо предложил себя на пост Шестого Хокагэ, с чем согласился лидер Страны Огня. Для окончательного вступления в эту должность ему было необходимо пройти через собрание дзёнинов, однако в связи со срочным созывом Совета пяти Кагэ Четвёртым Райкагэ, срочно туда отправился. Наруто вместе с Какаси и Ямато просил Райкагэ отложить вопрос об объявлении Саскэ международным преступником, однако получил отказ. После окончания Совета, Наруто, обнаружив Саскэ с помощью сэндзюцу, отправился туда, где ещё недавно Утиха боролся с Дандзо. Встретив чуть ранее прибывших туда Сакуру и Какаси, он заявил, что хочет сражаться с Саскэ и готов погибнуть, однако Тоби, также находившийся там, перенёс младшего Утиху в убежище Акацуки, где по его просьбе и пересадил ему глаза старшего брата Итати. Меж тем ниндзя Конохи, захватив Карин, отправились обратно в деревню.